Localitatea Alunișu apare pentru prima dată în documente în 1437 sub numele Monyorokerek, fiind menționată ulterior sub diverse forme: 1440 (Monyorothelke), 1522 (Mogyoro kereke), 1808 (Magyarókerék, Majero), 1861 (Magyarokereke), 1913 (Magyarókereke). Conform legendei locale, primii locuitori s-au mutat aici din zona localității Remetea, de lângă pasul montan Pădurea Craiului, căutând un loc mai sigur, ferit de pericolele invaziilor tătare.
Construcția bisericii poate fi datată chiar mai devreme decât prima atestare documentară, în jurul anului 1273, conform cercetărilor. Forma actuală a bisericii nu mai reflectă această origine, deoarece a fost modificată de mai multe ori de-a lungul timpului.
În secolul al XVI-lea, reformații au reconstruit biserica, însă în 1661 aceasta a fost distrusă împreună cu satul în timpul ultimei invazii tătare. Noul edificiu a fost ridicat în 1728 din donațiile credincioșilor și renovat în 1746. Clopotnița de lemn construită în 1690 a ars în incendiul din 1889, fiind înlocuită în 1897 de actualul turn masiv din piatră. Biserica cu turnul de lemn apare într-o pictură realizată în 1894 de Telegdy Árpád, aflată în biserică.
Mobilierul valoros din lemn datează din 1746, iar coroana amvonului este opera lui Umling Lőrinc. Scara amvonului și scaunul pastoral au fost realizate în 1786, iar masa Domnului în 1791, toate decorate de Umling și fiii săi.
În 1904, biserica a fost extinsă: a fost prelungită cu 3,10 m și înălțată cu 1,10 m, tot atuncis-a decis și vânzarea tavanului casetat deteriorat. O mare parte dintre casetele pictate de Umling Lőrinc au ajuns mai întâi la Muzeul Național din Budapesta, apoi, în 1936, la Muzeul de Etnografie. În 2023, comunitatea a refăcut o copie a tavanului casetat.
Biserica are și o orgă, construită în 1913 la Debrecen. Turnul adăpostește un singur clopot, de 321 kg, turnat în 1931, în 1965, cu ocazia renovării turnului, a fost instalat și un ceas.
De-a lungul timpului, satul a suferit mai multe calamități: invazia tătară din 1661, incendiul din 1720 și o catastrofă naturală în 1851, cunoscută sub numele de „surpare”, când, în urma ploilor abundente, versantul calcaros de deasupra satului s-a prăbușit, producând un zgomot auzit până la Cluj. Locuitorii au fost atât de speriați încât au locuit o săptămână în câmp.
În 1889, satul a fost din nou distrus de un incendiu, fiind afectate parohia, turnul de lemn al bisericii și orfelinatul aflat în proprietatea Mariei Valeria.
În prezent, comunitatea reformată numără aproximativ 130 de membri, dintre care doar 70 locuiesc permanent în sat. În ciuda dimensiunii reduse, comunitatea își întreține biserica și viața religioasă.
